Предыдущая модель (MD-80) имела репутацию очень надёжного самолёта, перевозившего до 70 % всего внутреннего пассажиропотока крупных американских авиакомпаний. Установка новых двигателей должна была сделать самолёт более конкурентным и снизить расход топлива на 15 %. Этот самолёт представлял собой MD-88 (Модификация MD-80), удлинённый на 1,4 метра. MD-90 также имел улучшенную авионику и более топливно-эффективные двигатели IAE V2500.

Первый полёт MD-90 совершил в 1993 году.

В отличие от своего предшественника, на ранней стадии эксплуатации MD-90 имел большое количество отказов, связанных с новой авионикой и электрической системой, что приводило к простоям и задержкам рейсов. В результате главный заказчик, авиакомпания Delta Air Lines, планировавшая заменить свой флот MD-80, уменьшила количество заказов.

После слияния «McDonnell Douglas» и «Boeing» в 1997 году, темпы производства MD-90 резко упали и последний MD-90 сошёл с конвейера в 2000 году на заводе в Китае. Таким образом, MD-90 проиграл борьбу своим ближайшим конкурентам — европейскому Airbus A320 и американскому Boeing 737 Next Generation. MD-90 уступал конкурентам по расходу топлива и дальности полёта, что было обусловлено относительной малой площадью крыльев и меньшим запасом топлива. В отличие от конкурентов MD-90 предлагался лишь в одном варианте вместимости, что делало его малопривлекательным для авиакомпаний. Использование более сложных в обслуживании и непопулярных двигателей IAE V2500 также не добавляло ему привлекательности. MD-90 — наименее успешный представитель семейства MD-80.

Всего с 1993 по 2000 гг. было произведено 116 самолётов.

Двухмоторный турбовентиляторный низкоплан со стреловидным крылом, Т-образным оперением (с переставным стабилизатором) и задним расположением двигателей.